In GTK+ kann man Fenster per Cairo volltransparent machen, wenn die Compositingerweiterung verfügbar ist. Wenn nicht, ist die von Terminals bekannte Pseudotransparenz eine nette Alternative. Allerdings bietet sich offensichtlich nur ein Weg an, den Bildschirminhalt als Fensterhintergrund zu wählen - also auch potentiell darunterliegende Fenster. Wie man den Hintergrund des root-Fensters kopiert, steht leider anscheinend nirgendwo.

Glücklicherweise immerhin im Sourcecode der Gnomebibliothek vte, auf der das Gnometerminal aufbaut. Die ID der Pixmap für das Hintergrundbild ist anscheinend in der Eigenschaft zum X11-Atom "_XROOTPMAP_ID" des root-Fensters hinterlegt.

Kurzum, falls jemand danach sucht: Pythonquellcode ist als Beispiel imho immer gut...